1. تداخل با سایر آنتی‌بیوتیک‌ها

تتراسایکلین‌ها و کلرامفنیکل: ممکن است با اثر باکتری‌کش کلوگزاسیلین یا جنتامایسین تداخل کنند (با مکانیسم باکتری‌استاتیک‌شان).

سایر آمینوگلیکوزیدها (مانند نئومایسین، استرپتومایسین): همزمانی باعث افزایش سمیت کلیوی و گوشی می‌شود.

سفالوسپورین‌ها یا سایر پنی‌سیلین‌ها: گاهی تجویز همزمان برای تقویت اثر انجام می‌شود، ولی باید با احتیاط باشد چون ممکن است باعث رقابت برای گیرنده‌ها شود یا عوارض افزایش یابد.

2. تداخل با داروهای کلیه‌سم (Nephrotoxic)

همزمانی با داروهایی مانند:

فوروزماید (داروی مدر)

پلی‌میکسین B

NSAIDs (ضدالتهاب‌های غیراستروئیدی مانند فلونیکسین یا ملوکسیکام)

می‌تواند باعث افزایش خطر نارسایی کلیوی شود، به‌خصوص به دلیل وجود جنتامایسین در کلی‌سیرو.

3. تداخل با بی‌حس‌کننده‌ها و داروهای فلج عضلانی

جنتامایسین می‌تواند اثر داروهای فلج عضلانی (muscle relaxants) مانند ساکسینیل‌کولین را تقویت کند. این نکته در بی‌هوشی دام‌های بزرگ اهمیت دارد.

4. تداخل با مواد خوراکی و معدنی

کلوگزاسیلین ممکن است در حضور فلزات سنگین (کلسیم، منیزیم، آلومینیوم) در خوراک، جذبش کاهش یابد (در صورت مصرف خوراکی).

جنتامایسین معمولاً به‌صورت تزریقی مصرف می‌شود و جذب خوراکی ندارد.